1996年10月11日，经国家教委批准，在厦门市委市政府、厦门大学的共同努力和海外华人华侨的支持下，医学院宣告成立并成立董事会（2015年调整为共建领导小组），走出了一条市校共建的特色办学之路。医学院结束了闽西南没有高等医学教育的历史，使厦门大学拥有了更完整的学科体系。25年来，厦门大学医学院秉承“自强不息，止于至善”的校训，坚持“立德树人、厚德尚能”的教育理念，以“育医学之英才，除人类之病痛，助健康之完美”为办学宗旨，通过整合办学资源，促进学科交叉，培养了一批批医学基础厚、临床技能实、人文素养深、创新能力强的高水平医学人才。医学院设有基础医学部、中医学系、护理学系、眼视光学系、口腔医学系和一批临床专业科系，拥有国家级临床教学培训示范中心、国家级医学虚拟仿真实验教学中心、国家级大学生校外实践教育基地、厦门大学健康医疗大数据国家研究院等国家级教学与科研平台。

学院坚持以培养医学精英人才为目标，大力推行教学改革，创新人才培养模式，全面推行素质教育，学生综合素质和创新能力不断提升。学院现有临床医学、中医学、护理学、口腔医学、基础医学、MBBS（临床医学）等6个本科专业，1个一级学科博士学位授权点（临床医学）、3个一级学科硕士学位授权点（临床医学、基础医学、中医学）、1个专业学位硕士授权点（临床医学）、健康大数据与智能医学交叉学科，以及6个国家人事部博士后科研工作站。2012年，“拔尖创新医学人才培养模式改革试点”和“五年制临床医学人才培养模式改革试点”项目获批全国首批“卓越医生教育培养计划”试点立项。2019年，获批临床医学一级学科博士学位授权点和临床医学博士后科研流动站，临床医学专业通过教育部临床医学专业认证委员会认证。

截至2021年12月31日，全日制在校生2656人，本科生1411人（其中MBBS留学生307人）、硕士生925人、博士生320人。在籍中医专业海外函授生约50人。2021级新生共642名，其中本科生224名（含MBBS留学生18名），硕士研究生323名，博士研究生95人。2021届毕业生共480人，其中本科生207人（含MBBS留学生7名）、硕士生242人、博士生31人。51名本科准毕业生获得“推免”资格。毕业生总体就业率90.79%，其中本科生就业率82.74%，硕士生就业率96.51%，博士生就业率95.65%。