研究组简介

方显杨，中国科学院生物物理研究所研究员，研究组长。本科毕业于武汉大学化学学院，博士毕业于中国科学院生物物理研究所。2009-2015年，在美国国立卫生研究院(NIH)国立癌症研究所从事博士后研究，2015-2023年，在清华大学生命学院历任助理教授/副教授，2023年8月起任中国科学院生物物理研究所研究员（三级）、研究组长、博士生导师。

研究组在国家自然科学基金委、科技部、中国科学院等项目的支持下，聚焦于RNA整合结构生物学的研究，致力于揭示RNA发挥功能与高效使能的结构与动态基础，发展智慧RNA疗法。当前主要研究方向与前期进展包括：

（1）RNA结构与使能研究前沿技术开发

课题组结合化学生物学与合成生物学的进展，基于NaM-TPT3非天然碱基系统，近年来开发了一系列的长链RNA位点特异性标记金纳米颗粒、荧光探针和自旋探针的技术(PNAS 2020、Chem. Sci. 2020、Nat. Commun. 2021、ACS Chem. Biol. 2022、 Int. J. Biol. Macromol. 2023和Nat. Commun. 2023b)，基于电子顺磁共振的RNA长距离测定技术(Biophys. J 2022)，奠定了应用电子顺磁共振、X射线散射干涉和荧光共振能量转移研究长链RNA的结构与动态的基础。课题组目前正在开发RNA高效区段标记与化学修饰技术、环形RNA合成技术、长链RNA高效转录与折叠技术、正在优化与升级基于多方法联用、干湿结合的RNA高级结构解析整合技术。

（2）RNA及其复合物高分辨率结构解析

课题组应用X射线晶体学，解析了细菌来源的THF-II核糖开关的晶体结构，结合小角X射线散射和生化实验，阐明了THF-II核糖开关识别小分子配体和调控翻译起始的分子机制（Nucleic Acids Res 2023）; 应用X射线晶体学，解析了荧光RNA适配体RhoBAST的晶体结构，结合小角X射线散射和分子动力学模拟，阐明了RhoBAST结合和激活自淬灭小分子配体TMR-DN的分子机制（Nat. Commun. 2024）。课题组目前正应用X射线晶体学、核磁共振和冷冻电镜开展RNA适配体、病毒RNA功能元件及其与小分子化合物、蛋白质形成的复合物的高分辨率结构解析与功能机制研究。

（3）长链RNA整合结构解析与功能研究

由于RNA的固有柔性，单一结构解析方法用于RNA研究多有局限。课题组初步发展了基于多方法联用，干湿结合的RNA高级结构解析整合技术。通过联用小角X射线散射，结构预测和计算模拟，解析了枯草芽孢杆菌glyQS T-box核糖开关核心区域 (183 nts)与tRNA复合物的三维结构（Biochemistry 2017），解析了多种黄病毒亚基因组RNA (sfRNA，400 - 600 nts)的溶液三维结构（EMBO Rep. 2019）; 通过联用小角X射线散射、氢氘交换质谱、结构预测与计算模拟，解析了寨卡病毒xrRNA2元件与宿主神经发育蛋白Musashi-1复合物的溶液结构（Nat. Commun. 2023a）。相关工作不仅揭示了多种RNA发挥功能的结构基础，也是RNA高级结构解析方法学的原创探索。我们受邀在Sci. China Life Sci. 2022，Meth. Enzymol. 2022，Methods Mol. Biol. 2023，Fundam Res. 2023，Curr. Opin. Struct. Biol. 2024上发表综述介绍相关方法。课题组目前正应用自主开发的RNA高级结构解析整合技术开展高致病病毒基因组RNA，长非编码RNA，环形RNA的高级结构与功能研究，研究成果将填补领域空白。

（4）RNA构象动态与功能研究

RNA的构象动态变化研究对于揭示其生理和病理机制，开发靶向RNA的小分子化合物、小干扰RNA和ASO等至关重要。近年来，我们联用小角X射线散射、单分子纳米孔技术和分子动力学模拟, 揭示了寨卡病毒xrRNA1机械稳定性各向异性的分子机制(Nat. Commun. 2020)；联用小角X射线散射、smFRET和体外酶切实验，研究了黄病毒xrRNA的折叠、构象动态与抗酶切活性之间的关系及其对Mg2+的依赖性，以及PK2关键三级相互作用对Mg2+依赖性和构象动态的调控作用机制(Nat. Commun. 2021)；联用小角X射线散射、smFRET和分子动力学模拟，研究了皮疽诺卡菌和结核杆菌ileS T-box核糖开关的适配体结构域的折叠与tRNA结合相互耦联的动态机制（Nat. Commun. 2023b）。课题组目前正在搭建高通量单分子荧光分析平台，应用单分子荧光技术开展多种核糖开关、长链RNA的构象动态、共转录折叠与功能关系研究。

（5）智慧RNA疗法的应用基础研究

近年来，基于RNA或靶向RNA的新疗法方兴未艾。课题组目前正基于对重要靶点RNA的结构与动态机制的了解，开发靶向RNA与基于RNA的智慧疗法研究。

现因工作需要，拟招聘特别研究助理(博士后)2-4名（特别研究助理待遇按中国科学院相关政策及申请人经历从优执行）；招聘助理研究员/副研究员1-2名(符合条件者可事业编制聘用、解决北京户口)。

招聘要求

1、特别研究助理(博士后)已取得或即将取得博士学位，助理研究员/副研究员应具有特别研究助理(博士后)工作经历；

2、有结构生物学(X射线晶体学，冷冻电镜、核磁共振、电子顺磁共振、小角X射线散射)、生物大分子结构预测与计算模拟、单分子生物物理（单分子荧光功能能量转移，smFRET）、化学生物学、合成生物学、药物化学、RNA生物学、微生物学与病毒学研究背景者优先；

3、发表相关领域英文文章至少1篇；

4、良好的学术道德和团队合作精神。

岗位职责

1、与团队成员密切合作，负责完成和参与相关课题研究；

2、协助培养和管理课题相关的研究生与研究助理，协助基金申请、文章撰写等。

岗位待遇

1、根据研究所及国家相关规定，提供具有竞争力的薪酬及福利，社会基本保险按国家政策执行。具体待遇参考个人研究背景和经历，优秀者待遇从优。

2、鼓励并协助申报合适的人才项目、科研基金。鼓励并协助申请国家博士后创新计划计划，鼓励并支持国际合作和参加国际会议。若成功申请任何基金或者博士后计划，年薪随之调涨。

3、优秀博士后人才出站后可优先留所工作（符合条件者可事业编制聘用、解决北京户口）。

招聘办法

请应聘者将个人简历（含个人联系方式，学习、工作经历，参与课题的介绍，熟练掌握的实验技能清单，论文发表）、其他能力证明材料发送邮件至fangxy（AT）ibp.ac.cn（请将(AT)替换为@，防止垃圾邮件）。本次招聘自本通告发布之日起，符合岗位要求者均可报名，招聘到适合人选为止。邮件标题请标注：“方显杨组应聘+高校人才网”。【快捷投递：点击下方“立即投递/投递简历”，即刻进行职位报名】