温州医科大学是浙江省重点建设高校，浙江省人民政府、国家卫生健康委和教育部共建高校。学校现有临床医学、基础医学、药学、生物医学工程、医学技术一级学科博士点和临床医学专业学位博士点，临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学、医学技术、口腔医学、公共卫生与预防医学、公共管理等12个一级学科硕士点，临床医学、生物医学工程、口腔医学、护理、药学、公共卫生、应用心理等7个专业硕士学位授权点；设有临床医学和药学一级学科博士后科研流动站。学校位列ESI全国高校综合排名第73位，临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、材料科学、化学、神经科学与行为学、免疫学8个学科进入ESI全球排名前1%，其中临床医学专业进入ESI全球排名前1.21‰。学校现有教职员工及医护人员14000余人（含附属医院），其中具有高级专业技术职务1800余人。学校本部现有专任教师1698人，其中具有正高级专业技术职务444人，具有副高级专业技术职务578人，博士学位1273人。学校现有3个校区，总占地面积约1900亩。图书馆馆藏文献约203万册。学校主办、编辑出版5种学术期刊、1种学术报刊，其中学术杂志《Eyeand Vision》进入SCIE学术期刊，3种期刊入选“中国科技核心期刊”，《中华眼视光学与视觉科学杂志》为中华医学会系列杂志。学校拥有5所附属医院，其中4所为三级甲等医院，同时设有29所非直属附属医院（临床学院）。学校秉持“仁肃勤朴、求是奋发”的校训，坚持特色立校、人才强校、文化兴校，逐渐形成了“以特色学科引领和带动全面发展，以推进国际化进程提升办学水平，以医疗和产学研一体化服务于地方经济社会发展”的办学特色，探索出了一条地方高等院校的强校之路。2021年，学校综合实力位列武书连中国大学排行榜第95位。

温州医科大学基础医学院源自1958年学校建立后的基础医学教研室，经过多轮院系机构设置改革，2005年9月正式成立基础医学院。现设病原生物学与免疫学系、生理学与病理生理学系、形态学系、生物科学系、法医学系5个系，下设10个教研室，并有2个实验教学中心和人体科学馆，其中基础医学实验教学中心为国家级实验教学示范中心，机能实验教学中心为省级重点实验教学示范中心，人体科学馆为省科普教育基地。

学院在上世纪80年代就开始招收硕士研究生，2011年获批基础医学硕士学位授权一级学科，2018年获批基础医学本科专业和博士学位授权一级学科，形成本硕博相衔接的人才培养体系。基础医学学科是浙江省“十三五”一流学科（B类），入围2021软科中国最好学科排名前30%，免疫学首次进入ESI全球排名前1%。